系统:PC
日期:2024-01-09
类别:教育学习
版本:v7.1.05
SnapGene破解版是一款非常好用的生物分子DNA序列分析软件。在软件内,你可以通过它来设计模拟DNA的克隆过程,它可以将这一过程完美的复现并且还会自动修复错误问题,让你一次就可以获得成功!同时还将用户的每一步操作都具象化、可视化,让你可以直观的看到自己的工作进度。
SnapGene破解版还可以将用户的每一步操作都保留下来,并以图形历史的展现方式清晰的将每一个重要步骤的节点保留,回顾起来更加方便观看!它受国内各大高校以及多个制药公司的欢迎,有需要的小伙伴快来下载吧!
1、In-Fusion 克隆
Clontech 的 In-Fusion 克隆技术是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法。 SnapGene 是第一个模拟此程序的软件。 只需选择您想要融合的 DNA 片段,SnapGene 即可设计引物。
2、Gibson Assembly?
许多研究人员转向 Gibson 组装,在不使用限制性酶的情况下将片段插入质粒中。待连接的 DNA 片段通过 PCR 扩增以产生重叠的末端。SnapGene 简化了Gibson组装反应的计划,并自动化了引物设计。
3、限制性克隆
SnapGene 独特的限制克隆界面以干净的布局显示您需要的信息。克隆程序的规划从来没有这么简单过。如果你已经知道你想做什么,克隆模拟只需要几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以在模拟过程中捕获并纠正错误。
4、聚合酶链反应与诱变
设计引物后,它们可以用来模拟常规 PCR、重叠延伸 PCR 或诱变。得到的DNA序列文件可立即用于进一步操作。与限制克隆界面一样,以引物为中心的界面以直观的方式显示关键信息。
5、自动保存
SnapGene 最令人惊讶的是它自动记录了克隆项目中的步骤。每次编辑序列或模拟克隆、PCR 或诱变时,程序都会自动记录在图形历史中。在模拟 DNA 构建体的创建之后,您可以使用历史作为实验方案。
6、琼脂糖凝胶电泳
napGene 使用一种先进的算法来创建真实的琼脂糖凝胶模拟。限制性片段以三种形式显示:模拟凝胶、数值列表和序列图。您可以使用模拟凝胶计划诊断限制摘要,或将实际凝胶图像与预测模式进行比较。
7、酶位点
SnapGene 以清晰的方式突出限制位点,自动标记甲基化阻断的位点。简单的控制可以让你选择有用的酶组,比如“独特的切割器”,或者定义自定义酶组和首选供应商。信息工具提示提供关键数据。“限制酶”窗口显示了数百种商用酶的详细特性。
一、想象
1、DNA可视化
查看DNA序列的多个视图。
地图 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 历史
自定义酶位点,特征,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式。
2、大序列支持
浏览染色体大小序列。
查看 · 搜索 · 缩放
利用SnapGene的高效数据处理功能,扫描具有数千种注释功能的大型DNA序列。
3、蛋白质可视化
查看蛋白质序列的多个视图。
地图 · 序列 · 属性 · 特征 · 历史
自定义区域,站点,键和序列颜色的显示。
4、直观的序列编辑
轻松编辑DNA和蛋白质序列。
标准编辑 · DNA结束
进行插入,删除,替换和大小写更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能。
5、序列颜色编码
将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一。
给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见。
6、特征注释
自动注释常用功能,或手动注释新功能。
自动特征检测 · 手动特征注释
使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的常见特征。您选择的其他功能可以添加到自定义数据库
二、模拟
1、限制性站点指标
确认限制性网站适合克隆。
独特性 · 甲基化***性 · 特殊性质
以粗体显示独特的限制性位点,或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组。
2、限制性克隆
可视化克隆过程的所有方面。
如果您已经考虑过程,则模拟只需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。
3、PCR
模拟标准PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。
4、重叠延伸PCR
通过重叠延伸PCR融合片段。
最多可组装八个片段。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。
5、引物定向诱变
使用诱变引物进行定点诱变。
选择诱变引物,按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。
6、网关克隆
模拟网关BP克隆或lr克隆,或两者在同一时间。
为方便起见,提供了常见的供体向量和目的向量。选择要组装的片段,SnapGene将设计引物。
7、吉布森大会
通过融合多达八个片段或通过将多达八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种流行的无缝克隆方法。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
8、IN-FUSION 克隆
通过在向量中插入最多八个片段来模拟Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一种非常通用的方法,可用于创建无缝基因融合。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
9、TA和GC克隆
通过TA或GC克隆捕获PCR产物。
选择传统的TA克隆或高效GC克隆。
为方便起见,提供了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。
10、退火Oligos
退火两个寡核苷酸形成双链产物。
使用简单的控件添加突出限制克隆。
三、避免错误
1、阅读基因融合的框架
确保构造中的已转换要素符合框架。
链接翻译 · 警告信息使用“序列”视图可以快速查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果是这样,翻译链接在同一行。如果不是,则翻译在单独的行上。
2、与参考序列对齐
使用强大的对齐工具检查实际构造是否与模拟构造匹配。
四、自动录制
1、全面的“撤销”能力几乎撤消任何操作。
不要害怕尝试使用SnapGene文件 - 回溯您的步骤很容易。
2、历史和嵌入式祖先
查看构造的图形历史记录。
单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分,或单击PCR引物名称以查看引物序列。
单击历史记录树中的祖先以重新生成该祖先序列文件,包括其注释和克隆历史记录。
3、历史色彩
使用可选的历史记录颜色来标识序列的最新更改。
详细了解构建体的组装方式,包括结扎的粘性末端。
五、有你的数据
1、安全文件管理
将SnapGene文件保存在所需的位置。
使用熟悉的安全操作系统来存储和整理SnapGene文件。
2、从其他格式导入
阅读许多常见的文件格式。
不仅可以导入DNA序列,还可以导入注释和注释。我们将继续开发进口商,以确保您不会被锁定为专有文件格式
3、导出为标准格式
将序列,地图或凝胶图像转换为标准格式,以便与其他软件一起使用。
将序列导出为GenBank或FASTA格式。将地图或模拟琼脂糖凝胶导出为常见的图像格式。
4、使用SnapGene Viewer共享数据
将SnapGene格式的文件发送给可以下载免费SnapGene Viewer的同事或客户。
只需将文件与链接一起发送到SnapGene Viewer即可。收件人将能够看到地图,序列和注释,就像在完整的SnapGene界面中一样。
六、转换文件格式
开放式信息交换至关重要,因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了读取和导出常见文件格式的选项。
1、在本站下载并解压,双击SnapGene.exe运行,选择安装路径,点击next
2、许可协议,点击i agree
3、现在安装附件,用户可以根据需求安装;
4、安装完成,点击finish即可。
1、一般技巧
首先,在程序的每一步都要小心。从长远来看,这种方法可以节省时间。
确保DNA非常干净。当制备载体或切除待插入的片段时,从约2μg的DNA开始。
每次酶促反应后,用旋转柱纯化DNA。在40-45μl的10mM Tris(pH8.5)中洗脱DNA,然后进行下一步反应。(在用凝胶纯化DNA片段之前不需要使用旋转柱。)
为了最大限度地提高效率,请尽量减少程序中的步骤数。例如,将钝端片段克隆到钝性载体位点(例如SmaI位点)比将其用Klenow或T4 DNA聚合酶钝化的位点更好。
如有疑问,用凝胶纯化DNA片段。更清洁的起始材料将产生更好的结果。
2、准备矢量
限制性克隆最常见的问题是在手术后恢复起始载体。该问题有两个原因:载体的不完全消化,以及切割载体与其自身的重新连接。下面描述的技巧将最大限度地减少这些影响。
确保载体的消化完成。使用过量的限制酶(约20 U,2μgDNA),消化约4小时。如果载体需要用两种具有不同最佳反应缓冲液的酶切割,则依次进行消化,并在其间进行旋转柱纯化。
消化载体(并且如果合适的话钝化),用磷酸酶处理:在37℃下1小时处于5'突出端,或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端则在50℃处理1小时。
用旋转柱除去磷酸酶。通常不需要对载体进行凝胶纯化,因为磷酸酶处理会使产生的任何额外DNA片段失活。
3、使用载体
确保消化和磷酸酶反应完成。彻底和反复地涡旋混合物,并且不允许任何液滴逃脱酶处理。在涡旋后短暂旋转以确保管侧没有留下液滴是个好主意。
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