cytoscape中文版 v3.7.2 最新版(附安装和使用教程)

软件介绍

cytoscape是一款专业的信息数据分析和编辑软件，它的主要功能是帮助用户分析各种数据，通过多种形式的网络图形为用户显示分析结果，让用户能够更好地了解数据之间的关联和变化趋势。cytoscape通常被使用在生物信息分析等领域，有需要的用户敬请下载。

特色功能

以多种标准格式加载分子和遗传相互作用数据集

项目和集成全局数据集和功能注释

在这些数据之间建立强大的可视化映射

使用细胞视图应用程序执行高级分析和建模

可视化和分析人为策划的路径数据集，如维基路径、反应堆和KEGG。

安装教程

JAVA安装：java8是否已安装？

如果没有安装或环境变量的配置等，安装Cytoscape时候点击提示出：是否安装java，点击是即可。

其他默认安装就可以，可以更改安装目录。(但不建议瞎改)

安装好了之后需要设置环境变量。

在环境变量中，要修改两个地方，一个是添加JAVA_HOME。选择“新建”，变量名填上JAVA_HOME，变量值填上C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_151，在java的安装过程中，默认一直下一步安装，所以装在C盘，如果你在安装过程中改了，那可能是D盘或者E盘，那么变量值要做相应的更改。

还要修改一个地方，就是Path，添加JAVA的变量值到Path中：选择Path，然后点“编辑”，在最后面添加如下语句：%JAVA_HOME%\bin。

打开命令提示符cmd，输入java -version，如果能正常显示，那表明装好了，你就可以装Cytoscape了。

使用教程

1. 安装并打开Cytoscape

2. 导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络

网络文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安装目录下有Sample Data，是部分网络文件的示例。

本地导入参考物种的蛋白互作网络

Cytoscape默认将文件第一行作为列名。如果文件第一行是基因，在导入网络时要在Advanced Options中取消用第一行作为列名。

然后选择每一列数据的属性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同时对应不同颜色和图标标记。

导入后，右上部窗口内展示蛋白互作网络图，右下部为网络图的相关节点 (Node) 及边 (Edge) 的数据信息。左侧为导入的网络目录和网络属性 (Style) 设置菜单。

从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络

例如要导入某个物种的蛋白质互作网络：选择物种和想要查看的数据库，搜索包含该物种蛋白互作网络的数据库，导入数据(时间稍长)。

3. 在Layout选项下可以选择方便观测的布局(默认导入的布局方式为Perfuse Force Directed Layout)。

4. 设置网络节点和边的风格 (Style)

在Style选项卡下Node设置中对点的形状、颜色、大小等进行设置。例如：选择Shape为圆形、Fill Color为灰色、节点的高度 (Meight) 和宽度 (Width) 为50.0。

在Style选项卡下Edge设置中对边的形状、颜色、大小等进行设置。例如，将连线的颜色设置为蓝色，同时设置到Target方向的箭头同样为蓝色。

5. 导入差异表达基因及其属性列，映射到互作网络中作为各节点的拓扑性质。

选取目标网络、设置关键列 (Column1)、选择需要的节点属性列(可以选取多列，本例选取Column2，并重命名为Label，其中为up/down数据)。

6. 根据上下调基因 (up/down) 标示网络，定义上调基因 (up) 为红色，下调基因 (down) 为蓝色。

7. 导出数据

导出图像Export Network as Graphics。

导出数据 Export Table。

可导出数据面板中的网络节点、边和整体网络的信息。

在弹出窗口编辑导出文件名。